Es el año 11941 d.C. Años antes de los acontecimientos de Nier: Automata, los últimos restos de la humanidad han huido de la Tierra para buscar refugio en la Luna. Al mismo tiempo, los luchadores androides conocidos como los YoRHa siguen librando su guerra milenaria contra las Máquinas alienígenas en lugar de la humanidad. Cuando dieciséis soldados YoRHa son enviados a las ruinas de Pearl Harbor para destruir una amenaza inminente de las Máquinas, se produce un desastre y sólo quedan cuatro supervivientes para terminar el trabajo. Las unidades designadas como nº 2, nº 4, nº 16 y nº 21. Cuando el escuadrón se encuentra con otro grupo de Androides más antiguos, los desertores perdidos de otra misión fallida hace mucho tiempo, la batalla de los soldados YoRHa por la supervivencia se complica aún más, obligando a la nº 2 y a sus hermanas de armas a enfrentarse a los secretos más peligrosos y condenatorios de su guerra