Los malvados Mente Maestra, Señor Amable y El Profesor han ideado un plan infalible para escapar de Arkham, desatar un ataque nuclear en Gotham y vencer al hombre murciélago de una vez por todas ¡Pero eso no es todo! Otros villanos también han escapado con la intención de causar más caos en la ciudad. El Espantapájaros provoca terribles pesadillas a todos los habitantes, el bioquímico Emile Dorian pretende realizar terribles experimentos para convertir personas en animales y Dos Caras idea una trampa mortal para destruir a Batman, mientras que la ninja Naoko busca vengar a su hermano.